A kollégium 1946 szeptemberében szerveződött.
1974-ben átadták az akkori 80 férőhelyes fiú- és 200 férőhelyes lánykollégiumot, amelyekben jelenleg nincs kollégiumi ellátás.
A kollégium 1976-ban a kollégiumok országos versenyén bronz, 1977-ben ezüst, 1980-ban pedig arany oklevelet kapott.
1980-ban megkapta a „Kiváló Kollégium” címet.
1988-ban a kollégium felvette Bajcsy Zsilinszky Endre nevét.
1996-ban bővült a kollégium 96 férőhellyel, 3 tanulóval és a régi szárny 6 tanulóval. Összevonásra került a Gépészeti Szakközépiskola és a Bajcsy Zsilinszky Endre Kollégium.
1999-ben felújításra került a 80 férőhelyes fiúkollégium, ikerszobánként zuhanyzóval, teakonyhával, stúdióval és tanulószobákkal.
2004-től ezt az épületet a Mátészalkai Kórház vette birtokba, jelenleg a Mátészalkai Szakképzési Centrum irodái valamint fogászati rendelők találhatók benne.
2007-től a kollégium a Mátészalkai Szakképző Iskola egyik tagintézménye lett.
2011-től a fiúk kollégiumi ellátása egy másik feladat ellátási helyen lett biztosítva.
2015-től a Mátészalkai Szakképzési Centrum tanulóinak és a mátészalkai Esze Tamás Gimnázium tanulóinak a kollégiumi ellátása az 1996-ban átadott kollégiumi épületben van megoldva.
